Galaxy: an open infrastructure for biological data analysis

Thursday, 03 December 2020

Athena Research Center (ARC), in the context of the new series of informative and educational workshops on COVID-19 research organised as part of the OpenAIRE National Open Access Desk and ELIXIR-Greece activities, invites you to an educational webinar on Galaxy - an infrastructure for biological data analysis. 

“Galaxy: an open infrastructure for biological data analysis”

When: Thursday 3 December 2020

Time: 12.30 - 14.30 p.m EET

Language of presentations: Greek

Target audience: Researchers, Health Professionals, Academic Staff, Librarians, Students

The webinar is held in collaboration with the Biomedical Sciences Research Center “Alexander Fleming” and the Institute of Applied Biosciences of the Centre for Research and Technology Hellas. The purpose of the webinar is twofold: on the one hand to inform about best practices and tools developed for the scientific field of Biomedicine and Open Science, on the other hand to focus on implementation of best practices on data analysis through the Galaxy service while familiarising researchers with its functionalities and use. During the webinar, scientists and researchers will be able to understand the service’s basic functions as well as how they can use it in their research, focusing on COVID-19 activities. Furthermore, interactions with speakers are encouraged in the discussion session through posing questions and communicating use case scenarios that will strengthen compliance with global practices and will enhance the service’s utilization / exploitation by the Greek research community.

Programme:

If you would like to attend the webinar “Galaxy: an open infrastructure for biological data analysis”, please subscribe here. 

The link to connect to the online platform will be sent to registered participants one day before the webinar.

The webinar will be recorded and all related material (slides, recordings, Q&As) will be shared with everyone afterwards.

For any questions you may have, please don’t hesitate to contact us!

• OpenAIRE in Greece:  
• ELIXIR-GR : link to contact

Praticare l’Open Science nelle scienze della Terra e dell’ambiente

Tuesday, 24 November 2020
Thursday, 26 November 2020
Tuesday, 01 December 2020
Thursday, 03 December 2020

Un ciclo di 4 webinar per conoscere i principi della scienza aperta e approfondire aspetti e strumenti specifici per le Scienze della Terra e dell’ambiente. 

L’attuale sistema delle riviste ad abbonamento con cui i ricercatori si scambiano informazioni e conoscenze limita e impoverisce il meccanismo di verifica e controllo dei risultati ottenuti da parte dei “pari” e di tutta la comunità scientifica, nonché la fertilizzazione di nuove idee. Inoltre in questo sistema si trascura di dare accesso a una parte fondamentale per il sostegno di quanto si riporta negli articoli pubblicati: i dati. 

L’Open Science è un modo di fare ricerca improntato alla trasparenza e alla collaborazione che ha l’obiettivo di eliminare le barriere di accesso e facilitare la diffusione della conoscenza. In concreto, nel quotidiano del lavoro scientifico, applicare i principi della scienza aperta può comportare l’esigenza di dotarsi di metodi e strumenti adatti che spesso sono specifici per discipline e aree di ricerca. 

Questo corso intende fornire le conoscenze di base per applicare i principi dell’Open Science e dell’Open Access alle scienze della Terra e dell’ambiente. Rivolto a docenti, ricercatori, tecnici, studenti di dottorato, assegnisti di ricerca che lavorano in questo settore, il ciclo di webinar prevede quattro lezioni di due ore e mezza ciascuna, di cui mezz’ora riservata alle domande e alla discussione. Attraverso specifici software si cercherà di favorire l’interazione e lo scambio con i partecipanti, i quali alla fine di ciascun modulo e dopo aver completato un breve questionario sugli argomenti trattati, potranno avere un attestato di partecipazione. 

Obbiettivi di apprendimento. Alla fine del corso i partecipanti:

• saranno in grado comprendere le motivazioni alla base dell’Open Science/Open Access e le sue dinamiche;
• conosceranno le attuali iniziative europee sull’Open Science/Open Access, e in particolare quelle legate alla loro area disciplinare;
• avranno gli strumenti per implementare le buone pratiche dell’Open Science/Open Access nel quotidiano delle loro attività di ricerca (per esempio per la gestione e la condivisione dei dati secondo i principi FAIR, per rendere Open Access le pubblicazioni, eccetera);
• avranno gli strumenti necessari per ottemperare agli obblighi della Commissione Europea in materia di Open Access ai dati e alla letteratura scientifica;
• avranno le competenze di base per interagire con le  infrastrutture di ricerca nel loro settore specifico.

Programma: 

24 novembre, 14.00-16.30. Introduzione e motivazioni: Open Science e accesso ai dati scientifici.

26 novembre, 14.00-16.30. Approcci federati all’integrazione di dati scientifici multidisciplinari e servizi per l’accesso e l’utilizzo: l’esperienza dell’infrastruttura di ricerca EPOS.

1 dicembre, 14.00-16.30. Gestione dei dati della ricerca: dati Open, FAIR e DMP.

3 dicembre, 14.00-16.30. Dimostrazione pratica con strumenti e servizi per l’Open Science.

Docenti:

Daniele Bailo, INGV

Massimo Cocco, INGV

Emma Lazzeri, CNR/ISTI

Mario Locati, INGV

Alessandro Sarretta, CNR/IRPI

Comitato tecnico scientifico:

Maria Silvia Giamberini, CNR/IGG

Gina Pavone, CNR/ISTI

COVID-19: best practices, tools and contact points in Greece

Thursday, 05 November 2020
Friday, 06 November 2020

“COVID-19: best practices, tools and contact points in Greece”

Athena Research Center (ARC), in the context of activities undertaken between OpenAIRE National Open Access Desk, RDA National Node and ELIXIR-GR, organises a new series of informative and educational webinars around COVID-19 research. The digital events are taking place in collaboration with the following scientific institutions: National and Kapodistrian University of Athens, National Center for Research & Technology Hellas, Hellenic Pasteur Institute, Biomedical Sciences Research Center “Alexander Fleming”, Biomedical Research Foundation of the Academy of Athens, Foundation for Research and Technology Hellas, Hellenic Academic Libraries Link, and the research infrastructure Inspired-RIs.

Τhe new series of digital events follows the first webinar held in April that aimed at collecting and promoting all efforts and knowledge around managing the virus crisis to the Greek scientific and academic community. This time, the purpose focuses, also, on knowledge exchange based on Open Science practices and on training in research data management and software development. Indicative subject areas to be covered are:

• information about the current status in Greece, such as the Flagship Action or national accomplishments in clinical studies etc. 
• providing guidance to researchers for Open Science best practices’ implementation through the adoption of Horizon 2020 Guidelines for open access to publications, data and other research outputs
• use of services and tools for research data processing and analysis, open source development and management, such as Argos, OpenRefine, Galaxy etc. 

The first two informative events will be carried out on Thursday 5 November and Friday 6 November at 12.00 - 14.00 p.m EET. During these webinars, the above mentioned institutions and research infrastructures will present the latest developments regarding their activities. 

For any questions you may have, please don’t hesitate to contact us at . 

Programme 

Equity and inclusion: open science policies

Friday, 23 October 2020

Webinar jointly organised by COAR, EIFL and OpenAIRE on Friday, October

23rd at 12:00 - 13:30 CEST. 

This panel addressed equity and inclusion in recent open science policy developments in Asia and Europe. 

Open Access Week 2020 programme: 

https://www.openaire.eu/openaire-open-access-week-2020

Research data: accessible infrastructures and innovative tools in Greece

Friday, 23 October 2020

Athena Research Center (ARC) together with Hellenic Academic Libraries Link (HEAL-link) participate in Open Access Week 2020 in the context of activities for OpenAIRE in Greece. The topic of presentations and discussions to take place is research data management. The event is open to all researchers and to members of research organisations in Greece, both in the public and private sector. 

Title: “Research data: accessible infrastructures and innovative tools in Greece”

When: Friday, 23 October 2020

Time: 13:00 p.m - 14:30 p.m

Language: Greek 

The theme of the International Open Access Week 2020, 19-25 October, is “Open with Purpose: Taking Action to Build Structural Equity and Inclusion.” The goal is to raise awareness regarding diversity, equity and inclusion of all research communities and forms of knowledge. By reshaping research and creating systems for sharing knowledge we come across with an opportunity for a more equitable, diverse and open framework for all research communities. In particular, Greece is facing important structural changes that will allow open redistribution of research data and will facilitate implementation of Open Science practices. 

ARC and HEAL-link concentrated this year’s presentations on issues around research data management and personal data. The presentations will focus on national research data repositories, highlighting their contribution to paneuropean cloud infrastructures and their role in an Open Science environment. Finallt, to limit discouragement in following open practices when dealing with sensitive and personal data, the Amnesia tool for  data anonymization will be explained. 

Open Access Week: Towards a scholarly commons

Thursday, 22 October 2020

Equity and inclusion: community-owned infrastructures for open science

Wednesday, 21 October 2020

Webinar jointly organised by COAR, EIFL and OpenAIRE. 

This panel:

- discussed why community/good governance is important and how that relates to equity and inclusion
- provided some concrete models of good governance that other infrastructures can adopt in their own context

Speaker bio's:

Dominique Babini

Dominique Babini is from Argentina, holds a doctorate in political science and a postgraduate degree in information science. Open access and open science advisor, and previously repository developer and manager, at the Latin American Council of Social Sciences (CLACSO), a network of 736 research institutions in 52 countries, where she now coordinates CLACSO's open access/open science International Campaign.

Janneke Adema

Janneke Adema is an Assistant Professor in Digital Media at the Centre for Postdigital Cultures at Coventry University. In her research she explores the future of scholarly communications and experimental forms of knowledge production, where her work incorporates processual and performative publishing, radical open access, scholarly poethics, media studies, book history, cultural studies, and critical theory. She explores these issues in depth in her various publications, but also by supporting a variety of scholar-led, not-for-profit publishing projects, including the Radical Open Access Collective, Open Humanities Press, ScholarLed, and Post Office Press (POP). She is currently Co-PI on the Community-Led Open Publication Infrastructures for Monographs (COPIM) project (copim.ac.uk). You can follow her research on openreflections.wordpress.com.

Tom Olyhoek

Open Access Week: Public release of the OpenAIRE-DARIAH Community gateway

Tuesday, 20 October 2020

A paramount challenge in present-day knowledge production is to communicate research results in ways that align with our increasingly digital and also increasingly diverse research workflows.

Research discovery platforms that have been developed from EU grants and will remain open to the public are game changers in this respect. They support the visibility and discoverability of all sorts of research outputs (datasets, software, protocols,  teaching materials etc.) to showcase a broader view of scholarship and enable a greater transparency of scholarly communication.

This webinar aims to introduce an instance of them, the OpenAIRE-DARIAH Community Gateway. Built on the top of the OpenAIRE Research Graph, the OpenAIRE Community Gateways  work as single access points to a virtual space that connects metadata descriptions of all scholarly objects that are important to the given community.

The DARIAH dashboard brings together publications and a broad range of research data (digital critical editions, plain text, archived data, audiovisual data, raw data, encoded documents, software applications, source code, images, structured graphics, databases, structured text, scientific and statistical data formats) that are hosted by DARIAH services such as NAKALA and TextGrid. As such, it significantly reduces the fragmentation of DARIAH research outputs across the web. A major benefit of such a discovery environment is that it provides scholarly communities with a single entry point to DARIAH-affiliated research outputs. This entry point, in turn, is embedded into the context of a bigger collection of Digital Humanities and Cultural Heritage corpus enabling therefore arts and humanities researchers to find DARIAH outputs more easily, as an integral part of their discovery routine.

The webinar welcomes all the DARIAH communities, including humanities scholars, librarians, research support professionals, service providers and national representatives.

OpenAIRE Week! Building Open Science Gateways to open and linked research outcomes

Friday, 16 October 2020

OpenAIRE Week! OpenAIRE for researchers and beyond

Thursday, 15 October 2020

OpenAIRE Week! OpenAIRE on the European and global stage

Tuesday, 13 October 2020

OpenAIRE on the European and global stage

During this session, we will provide the setting for OpenAIRE on the European and global stage. We will host a panel session where synergies with international, regional and national activities will be discussed.

Panel: European – National – International alignment. The panel will examine the shared building blocks for OS, around policy and infrastructure and identify key takeaways:

• Bianca Amaro (IBICT/LA Referencia, Brazil)
• Judit Fazekas-Paragh (University of Debrecen and National Library, OpenAIRE NOAD, Hungary)
• Pierre Lasou (CARL, Canada)
• Omo Oaiya (WACREN, Nigeria)
• Kathleen Shearer (COAR, Canada)
• Dr. Sa-Kwang Song (KISTI, South Korea)

Q&A

OpenAIRE Week: Kick off

Monday, 12 October 2020

Kick off    

• Welcome - Yannis Ioannidis, Athena Research Centre, Director of OpenAIRE AMKE 
• UNESCO Open Science Recommendations - Ana Persic, Section for Science Policy and Partnerships - Division of Science Policy and Capacity-Building Natural Sciences Sector, UNESCO
• OpenAIRE in EOSC - Natalia Manola, OpenAIRE Director 
• Five National Perspectives by OpenAIRE NOADs 
  • Pauli Assinen, University of Helsinki
  • Biljana Kosanovic, University of Belgrade
  • Sylvia Koukounidou, University of Cyprus
  • Pedro Principe, University of Minho
  • Inge Van Nieuwerburgh, University of Ghent

Open Science e COVID-19. Collaborare per contrastare la pandemia

Tuesday, 21 July 2020
Monday, 16 November 2020

L’emergenza sanitaria da Covid-19 ha reso evidente la necessità di collaborare a livello globale. Per trovare soluzioni rapide ed efficaci alla pandemia è doveroso condividere nel modo più aperto possibile dati, pubblicazioni, software e altre tipologie di risultati scientifici. Se ne parlerà in una serie di webinar e tutorial organizzati dai nodi italiani di OpenAIRE, ELIXIR, RDA e EOSC Pillar.

I webinar hanno l'obiettivo di sensibilizzare la comunità scientifica sull’importanza della condivisione dei dati per monitorare l’evoluzione della pandemia Covid-19 e, soprattutto, per la ricerca di una cura efficace. Saranno messe in evidenza disomogeneità e incongruenze nella raccolta dei dati molecolari, epidemiologici e clinici, per poi illustrare strumenti e buone pratiche dell’Open Science e dell’Open Access. 

I tutorial saranno eventi formativi in cui si mostreranno soluzioni specifiche per condividere diversi tipi di dati omici e altri prodotti della ricerca, quali software di analisi e protocolli.

È necessario registrarsi per partecipare e per anticipare eventuali domande ai relatori. Il link per la registrazione si trova di seguito, sotto ciascun incontro.

Webinar: Covid-19 e condivisione del dati: perché in Italia si fa troppo poco? Seconda edizione. Lunedì 16 novembre 2020, ore 15:00 (CEST) | 2 ore

Destinatari: Ricercatori, clinici, tecnici, componenti del nodo italiano di RDA, coinvolti nella raccolta, la produzione, l’analisi dei risultati della ricerca di Covid-19 (dati, pubblicazioni, software, ecc…). 

Il webinar è la seconda edizione di quanto trasmesso a fine luglio e intende ribadire la necessità di un cambio di rotta a favore della collaborazione tra i ricercatori. Si tornerà a trattare dell'urgenza di aderire a un modello di scienza aperto e collaborativo e degli aspetti specifici dell’Open Science per le ricerche su Covid-19. Inoltre verranno illustrate le principali iniziative europee per la condivisione di dati e risultati di ricerca all'interno della comunità scientifica.

Programma:

• Allegra Via, ricercatrice CNR, coordinatrice della piattaforma di Training di ELIXIR-IT: “Le principali iniziative europee per la condivisione di dati e dei risultati della ricerca a supporto della comunità scientifica. ELIXIR (portale dati Covid-19), OpenAIRE, RDA”; slide della seconda edizione.
• Emma Lazzeri, ricercatrice CNR, Coordinatrice OpenAIRE NOAD e nodo italiano RDA: “L'efficacia del modello Open Science e il suo metodo di cooperazione nel contesto della pandemia in corso”; slide della seconda edizione.
• Graziano Pesole, Coordinatore di ELIXIR-IT, Professore UNIBA, associato CNR-IBIOM: “La condivisione dei dati al tempo del Covid-19: sfide e opportunità per l’Italia. Ruolo e azioni di ELIXIR”; slide della seconda edizione. 
• Discussione.

Alla discussione parteciperà Sara Casati, eticista nella ELSI services and Research Unit di BBMRI ERIC.

Per iscriversi usare questo link.

Webinar: Covid-19 e condivisione del dati: perché in Italia si fa troppo poco? Prima edizione. Martedì 21 Luglio 2020, ore 17:00 (CEST) | 2 ore

Webinar: Covid-19 e condivisione dei dati. Il problema dei dati epidemiologici

Data da definire.

Come aggiornare il dato dei nuovi contagi da Covid-19 se le regioni non seguono protocolli uniformi nella somministrazione dei test diagnostici? Siamo di fronte all’assenza di un sistema di monitoraggio univoco tra le regioni. Il webinar vuole essere occasione di confronto e discussione, a partire da alcune delle incongruenze emerse nelle raccolta e gestione dei dati epidemiologici.

Relatori e programma: da definire.

Webinar: Covid-19 e condivisione dei dati. Risorse e strumenti per i dati clinici.

Data da definire

Come sarebbe opportuno procedere per standardizzare la raccolta e la gestione dei dati clinici sull’epidemia da Covid-19, in modo da rendere più efficace il monitoraggio e dunque le politiche sanitarie pubbliche? In questo webinar si mostreranno alcune incongruenze nella raccolta dei dati clinici e si mostreranno i protocolli e le linee guida proposte  dall’Organizzazione mondiale della sanità, dal COVID19 data portal della Commissione europea e le raccomandazioni della Research Data Alliance.

Relatori e programma: da definire.

Tutorial: Covid-19 e condivisione dei dati. Come gestire i dati omici - prima e seconda parte

Date da definire

Due tutorial saranno dedicati ai diversi tipi di dati “omici” rilevanti per lo studio e l’analisi di SARS-CoV-2 (e.g.: virus/host genomics, transcriptomics, proteomics, structural data) e per ciascuno di essi saranno mostrati:

• i vantaggi della condivisione dei dati
• raccomandazioni/linee-guida/procedure per il processamento e la condivisione dei dati in archivi pubblici
• come rendere i dati FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable)
• sfide e aspetti da tenere in considerazione

Relatori e programma: da definire.

Tutorial: Covid-19 e condivisione del software. Protocolli e altri strumenti per l’analisi di dati.

Data da definire

La ricerca scientifica è spesso possibile grazie ai vari software di analisi dei dati. Questi, tuttavia, non sempre sono sviluppati, manutenuti e condivisi in modo da assicurare qualità e riproducibilità. In questo tutorial saranno esposti in modo pratico e concreto best practices e linee guida per applicare i principi dell’Open Science ai vari strumenti per l’analisi dei dati. 

Relatori e programma: da definire.

Comitato Organizzatore:

Francesca De Leo CNR-IBIOM

Emma Lazzeri CNR-ISTI

Loredana Le Pera CNR-IBIOM (e CNR-IBPM)

Gina Pavone CNR-ISTI

Allegra Via CNR-IBPM

Citizen Science OpenAIRE activities in Education

Tuesday, 30 June 2020

This webinar starts with a short introduction to OpenAIRE, followed by a description of OpenAIRE Citizen Science Initiatives and activities. More specific, the presentation focuses on the:

School Seismograph Network

• Presentation of the School Seismograph Network
• Implementation of the OpenAIRE approach to enable the school’s seismograph data collections (OpenAIRE PROVIDE, Zenodo), exploration (OpenAIRE EXPLORE) and applications (HELIX, HACKQUAKE). How OpenAIRE products embrace the active participation of schools into the Open Science ecosystem

Open Schools Journal for Open Science (OSJ)

• STEM focused Open Schools Journal for Open Science, supported by OpenAIRE and how it enables students and teachers to learn about the Open Science ecosystem, rules and guidelines (i.e. licensing, metadata). Also, how teachers and students can find in Zenodo the Journal’s articles and datasets by participating in Zenodo communities in order to include them in their daily routines
• Best practices by students’ involvement in the OpenAIRE Citizen Science Initiatives

Bringing Nobel Prize Physics to the Classroom with Zenodo

• Presentation of a series of educational activities aiming to introduce Nobel Prize Physics to the Classroom are being developed and documented in Zenodo.

How you can participate and how to follow training actions

Q&A session

Highlight: New students discovery in the Open Schools Journal for Open Science: "Since 2009, Kepler Space Telescope has been recording small reductions (eclipses) in the light of distant stars due to the transit of planets in front of them. Our goal is to detect planets in orbit around distant stars from Kepler's mission data, following the Reading Method using two programs written by our team in programme language C. If the readings are detected and confirmed, we proceed to their analysis. characteristics of the planet: Ray, inclination, distance from the star, and especially if it is in the so-called "habitable zone" which will make it possible to maintain life. However, we have already identified such an exoplanet in orbit around the star KIC 1432789, the characteristics of which our team analyzed for the first time." - from

Κυνήγι Εξωπλανητών

Transformative agreements in Italy

Friday, 26 June 2020

La crisi COVID ha reso ancor più evidente la necessità dell'accesso immediato alla ricerca scientifica.

Sulla spinta delle istanze Open Science e Open Access, anche il mondo della contrattazione per le risorse elettroniche sta cambiando.

I "transformative agreements" sembrano essere lo strumento con il quale gestire in modo efficace la transizione all'accesso aperto e immediato.

Ma cosa sono di preciso i contratti trasformativi? E come si sta muovendo l'Italia?

OpenAIRE organizza un webinar per fare il punto sulla situazione, il 26 giugno, alle 11.

Ne discuteremo con 

- Colleen Campbell, OA2020: Cosa sono i contratti trasformativi e il loro contesto internazionale (30 minuti)

- Nino Grizzuti, coordinatore CARE CRUI: La stagione degli accordi trasformativi. Il contributo CRUI-CARE (15 minuti)

I restanti 15 minuti saranno dedicati alle domande.

Per motivi organizzativi è necessario registrarsi. Il form consente ai partecipanti di anticipare eventuali domande ai relatori.

IL LINK PER PARTECIPARE VERRÀ COMUNICATO VIA EMAIL AGLI ISCRITTI UN’ORA PRIMA DELL’INIZIO