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Open Science e COVID-19. Collaborare per contrastare la pandemia

Una serie di webinar e tutorial sulla condivisione dei dati su COVID-19

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Date(s): 21 July 2020 | 16 November 2020 | 28 April 2021

L’emergenza sanitaria da Covid-19 ha reso evidente la necessità di collaborare a livello globale. Per trovare soluzioni rapide ed efficaci alla pandemia è doveroso condividere nel modo più aperto possibile dati, pubblicazioni, software e altre tipologie di risultati scientifici. Se ne parlerà in una serie di webinar e tutorial organizzati dai nodi italiani di OpenAIRE, ELIXIR, RDA e EOSC Pillar.

I webinar hanno l'obiettivo di sensibilizzare la comunità scientifica sull’importanza della condivisione dei dati per monitorare l’evoluzione della pandemia Covid-19 e, soprattutto, per la ricerca di una cura efficace. Saranno messe in evidenza disomogeneità e incongruenze nella raccolta dei dati molecolari, epidemiologici e clinici, per poi illustrare strumenti e buone pratiche dell’Open Science e dell’Open Access. 

I tutorial saranno eventi formativi in cui si mostreranno soluzioni specifiche per condividere diversi tipi di dati omici e altri prodotti della ricerca, quali software di analisi e protocolli.

È necessario registrarsi per partecipare e per anticipare eventuali domande ai relatori. Il link per la registrazione si trova di seguito.

Webinar: ll COVID-19 Data Portal italiano: un punto di riferimento nazionale per i dati della pandemia | Mercoledì 28 aprile 2021, ore 15:00 (CEST) | 1,5 ore

banner covidataportal

Un webinar per illustrare il covid19dataportal.it  e le risorse a disposizione per chi produce o lavora con i dati di COVID-19  in Italia. 

Destinatari: Ricercatori, clinici e tecnici, coinvolti nella produzione, la raccolta,  l’analisi, dei risultati della ricerca su Covid-19 (dati, pubblicazioni, software, ecc…).

Con lo scoppio della pandemia la Commissione Europea ha incaricato l’European Bioinformatics Institute (EBI) e altri partner tra cui ELIXIR, l’infrastruttura Europea per la bioinformatica e i dati biologici, di realizzare il COVID-19 Data Portal, un portale “unico” che, promuovendo la cultura Open Science, faciliti l’accesso a diverse tipologie di dati su COVID-19, quali sequenze genomiche, strutture proteiche, interazioni molecolari e immagini al microscopio elettronico. Per migliorare e supportare la condivisione di dati e altre risorse scientifiche, il COVID-19 Data Portal europeo sta promuovendo la creazione di portali analoghi a livello nazionale. 

Lo scorso febbraio è stato lanciato l’Italian COVID-19 Data Portal, con lo scopo di farlo diventare uno strumento al servizio dei ricercatori Italiani e di tutti gli interessati. Il Data Portal nazionale ha l’obiettivo di presentare una raccolta esaustiva dei prodotti della ricerca italiana sulla pandemia da COVID-19, nonché una serie di servizi disponibili in Italia per la produzione, l’analisi e la gestione dei dati. Inoltre sul portale vengono fornite guide, indicazioni pratiche e un servizio di help desk presidiato da esperti, per aiutare i produttori di dati nel loro deposito presso gli appositi repository pubblici riconosciuti a livello internazionale.

Le caratteristiche principali del portale italiano saranno illustrare nel webinar “ll COVID-19 Data Portal italiano: un punto di riferimento nazionale per i dati della pandemia”, in programma per il 28 aprile 2021, dalle 15 alle 16.30. 

Saranno presentate le diverse sezioni/tipologie di dati e relative linee guida. Inoltre si fornirà una panoramica dei servizi offerti e dei possibili modi di interagire con il portale e i suoi curatori.  

Programma

  • Introduce Emma Lazzeri, ricercatrice CNR-ISTI e GARR
  • Matteo Chiara, ricercatore UniMI e ricercatore associato di  CNR-IBIOM: SARS-CoV-2 e condivisione dei dati. La situazione nel nostro paese. Focus: dati genomici”. 
  • Federico Zambelli, ricercatore UniMI e ricercatore associato di  CNR-IBIOM, Technical coordinator di ELIXIR-IT: “ELIXIR-IT e condivisione dei dati COVID-19,  l’esempio del COVID-19 Data Portal”.
  • Marco Carraro, Università degli Studi di Padova  “COVID-19 Data Portal Italy, creazione, stato dell’arte, prospettive future 
  • Discussione

Iscrizione obbligatoria al seguente link: https://us02web.zoom.us/webinar/register/WN_3eccqJAJRpSUGzLF2txqGw

Webinar: Covid-19 e condivisione del dati: perché in Italia si fa troppo poco? Seconda edizione. Lunedì 16 novembre 2020, ore 15:00 (CEST) | 2 ore

Nel webinar è stata ribadita la necessità di un cambio di rotta a favore della collaborazione tra i ricercatori. 

Webinar: Covid-19 e condivisione del dati: perché in Italia si fa troppo poco? Prima edizione. Martedì 21 Luglio 2020, ore 17:00 (CEST) | 2 ore

Nel webinar è stata esposta l'urgenza di aderire a un modello di scienza aperto e collaborativo. Sono stati illustrai aspetti specifici dell’Open Science per le ricerche su Covid-19 e le principali iniziative europee per la condivisione di dati e risultati di ricerca all'interno della comunità scientifica.

Webinar: Covid-19 e condivisione dei dati. Il problema dei dati epidemiologici

Data da definire.

Come aggiornare il dato dei nuovi contagi da Covid-19 se le regioni non seguono protocolli uniformi nella somministrazione dei test diagnostici? Siamo di fronte all’assenza di un sistema di monitoraggio univoco tra le regioni. Il webinar vuole essere occasione di confronto e discussione, a partire da alcune delle incongruenze emerse nelle raccolta e gestione dei dati epidemiologici.

Relatori e programma: da definire.

Webinar: Covid-19 e condivisione dei dati. Risorse e strumenti per i dati clinici.

Data da definire

Come sarebbe opportuno procedere per standardizzare la raccolta e la gestione dei dati clinici sull’epidemia da Covid-19, in modo da rendere più efficace il monitoraggio e dunque le politiche sanitarie pubbliche? In questo webinar si mostreranno alcune incongruenze nella raccolta dei dati clinici e si mostreranno i protocolli e le linee guida proposte  dall’Organizzazione mondiale della sanità, dal COVID19 data portal della Commissione europea e le raccomandazioni della Research Data Alliance.

Relatori e programma: da definire.

Tutorial: Covid-19 e condivisione dei dati. Come gestire i dati omici - prima e seconda parte

Date da definire

Due tutorial saranno dedicati ai diversi tipi di dati “omici” rilevanti per lo studio e l’analisi di SARS-CoV-2 (e.g.: virus/host genomics, transcriptomics, proteomics, structural data) e per ciascuno di essi saranno mostrati:

  • i vantaggi della condivisione dei dati
  • raccomandazioni/linee-guida/procedure per il processamento e la condivisione dei dati in archivi pubblici
  • come rendere i dati FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable)
  • sfide e aspetti da tenere in considerazione

Relatori e programma: da definire.

Tutorial: Covid-19 e condivisione del software. Protocolli e altri strumenti per l’analisi di dati.

Data da definire

La ricerca scientifica è spesso possibile grazie ai vari software di analisi dei dati. Questi, tuttavia, non sempre sono sviluppati, manutenuti e condivisi in modo da assicurare qualità e riproducibilità. In questo tutorial saranno esposti in modo pratico e concreto best practices e linee guida per applicare i principi dell’Open Science ai vari strumenti per l’analisi dei dati. 

Relatori e programma: da definire.

Comitato Organizzatore:

Francesca De Leo CNR-IBIOM

Emma Lazzeri CNR-ISTI

Loredana Le Pera CNR-IBIOM (e CNR-IBPM)

Gina Pavone CNR-ISTI

Allegra Via CNR-IBPM

FAIR data | OA to research data | open access | open science | repository

Presenters
    • Emma Lazzeri, ricercatrice CNR-ISTI e GARR
    • Matteo Chiara, ricercatore UniMI e ricercatore associato di  CNR-IBIOM. 
    • Federico Zambelli, ricercatore UniMI e ricercatore associato di  CNR-IBIOM, Technical coordinator di ELIXIR-IT.
    • Marco Carraro, Università degli Studi di Padova.
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Agreement No. 777541.

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